Zespół mKsiegowa.pl wykonał przegląd zabezpieczeń aplikacji systemu księgowego używany przez fundacje, stowarzyszenia i małe oraz średnie firmy. Przegląd taki jest wykonywany regularnie i pozwala na ewentualną identyfikację obszarów do poprawy. Aplikacja stosuje różne mechanizmy zabezpieczeń, które chronią dane finansowe użytkowników. Jednym z podstawowych zabezpieczeń jest system logowania z nazwą użytkownika i hasłem. Dostęp do poszczególnych funkcji programu jest kontrolowany przez role i uprawnienia użytkowników. Dzięki temu tylko upoważnione osoby mogą wykonywać określone operacje w systemie.
mKsiegowa.pl wykorzystuje także mechanizmy sesji, które zapobiegają nieautoryzowanemu dostępowi do konta po zalogowaniu. Ważnym elementem bezpieczeństwa jest również wymuszone korzystanie z protokołu HTTPS, który szyfruje transmisję danych między użytkownikiem a serwerem. System posiada także zabezpieczenia przed podstawowymi atakami internetowymi, takimi jak SQL Injection. Dodatkowo firma tworzy codziennie kopie zapasowe bazy danych, aby zabezpieczyć informacje przed utratą.
Hosting aplikacji odbywa się w firmie IQ.pl, która posiada serwerownię z zabezpieczeniami na poziomie Tier 4. Dane są przechowywane w Polsce. Wszystkie te mechanizmy sprawiają, że mKsiegowa.pl jest bezpiecznym narzędziem do zarządzania finansami organizacji.